Một trong những lý do là khối lượng công việc của các sở, ngành ở TP HCM rất lớn và ngày càng nhiều nên UBND TP không đăng ký thí điểm hợp nhất các cơ quan chuyên môn
Theo báo cáo, TP HCM là đô thị đặc biệt, một trung tâm lớn về kinh tế, văn hoá, giáo dục… với quy mô dân số lớn nhất nước (gần 9 triệu người), đóng góp cho ngân sách nhiều nhất cả nước (30%) nên khối lượng giải quyết công việc của các sở, ngành là rất lớn và ngày càng nhiều. Việc thí điểm hợp nhất các cơ quan chuyên môn thuộc UBND TP và cấp huyện cần phải được nghiên cứu chặt chẽ, bảo đảm hiệu quả trước khi thực hiện.
Cũng theo UBND TP HCM, Thủ tướng Chính phủ đang cho TP thí điểm lập Ban Quản lý an toàn thực phẩm. Ngoài ra, TP đã có văn bản xin Thủ tướng cho lập Đội Quản lý trật tự xây dựng đô thị thuộc UBND các quận, huyện và tổ chức lại Ban Bồi thường giải phóng mặt bằng thuộc chính quyền cấp quận, huyện thành Trung tâm Phát triển quỹ đất.
Hơn nữa, TP HCM đã xin Trung ương cho xây dựng đề án mô hình chính quyền đô thị, cần ổn định tổ chức bộ máy các cơ quan chuyên môn nên không thí điểm hợp nhất các sở, ngành cho phù hợp với tình hình hiện nay.
Trước đó, Bộ Nội vụ gửi văn bản yêu cầu các địa phương đăng ký thí điểm hợp nhất các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh, cấp huyện để tổng hợp, báo cáo Chính phủ. Theo đó, ở cấp tỉnh sẽ giảm xuống còn 4 đầu mối và ở cấp huyện giảm còn 3 đầu mối cơ quan chuyên môn. Cụ thể, ở cấp tỉnh, thí điểm hợp nhất Sở Tài chính với Sở Kế hoạch và Đầu tư thành Sở Tài chính và Kế hoạch; Sở Giao thông Vận tải hợp nhất với Sở Xây dựng thành Sở Giao thông vận tải và Xây dựng; Sở Nội vụ hợp nhất với Ban Tổ chức Tỉnh ủy, Thành ủy thành Cơ quan Tổ chức – Nội vụ; Thanh tra cấp tỉnh với Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy, Thành ủy thành Cơ quan Thanh tra – Kiểm tra.
Ở cấp huyện, thí điểm hợp nhất Phòng Nội vụ với Ban Tổ chức cấp ủy cấp huyện thành Cơ quan Tổ chức – Nội vụ; Thanh tra cấp huyện với Ủy ban Kiểm tra cấp ủy cấp huyện thành Cơ quan Thanh tra – Kiểm tra; hợp nhất Văn phòng HĐND và UBND với Văn phòng cấp ủy cấp huyện thành Văn phòng cấp huyện.
Việc hợp nhất các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh, cấp huyện được thực hiện dựa trên Nghị quyết số 18 của Hội nghị Trung ương 6 (Khóa XII) về một số vấn đề về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả; Kết luận số 34 của Bộ Chính trị về thực hiện một số mô hình thí điểm theo Nghị quyết số 18; Nghị quyết số 580/2018 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc thí điểm hợp nhất Văn phòng Đoàn Đại biểu Quốc hội, Văn phòng HĐND và Văn phòng UBND cấp tỉnh và ý kiến của Ban Cán sự đảng Chính phủ tại Văn bản số 1063/2019.