Trong thời gian chờ hoàn thiện hệ thống, Tổng cục Hải quan hướng dẫn: Cơ quan hải quan kiểm tra thực tế hàng hoá tại quầy kiểm tra hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế, hàng hoá. Trong đó, việc kiểm tra, đối chiếu xác định từng nội dung khớp đúng giữa thông tin ghi trên hộ chiếu/hoặc giấy tờ xuất cảnh với thông tin trên hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế và các quy định về hàng hoá được hoàn thuế theo qy định tại khoản 8, Điều 1, Thông tư 92/2019/TT-BTC. Đồng thời, kiểm tra thực tế đối với hàng hoá phải kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro, ghi kết quả kiểm tra, xác định hàng hoá, tính số tiền thuế GTGT cho người nước ngoài được hoàn theo quy định tại Điều 12, Thông tư 72/2014/TT-BTC; ký, đóng dấu xác nhận đã kiểm tra hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế. Cập nhật thông tin về người nước ngoài, số tiền thuế GTGT người nước ngoài thực tế được hoàn vào cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan về hoàn thuế GTGT cho người nước ngoài xuất cảnh.

Đối với các ngân hàng, thực hiện kiểm tra thẻ lên tàu bay, tàu biển; hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế đã được cơ quan hải quan kiểm tra, đóng dấu xác nhận; ghi số hiệu, ngày tháng chuyến bay, chuyến tàu vào hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế. Trả tiền hoàn thuế cho người nước ngoài theo số tiền thuế GTGT do cơ quan hải quan ghi trên hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế, ký tên, đóng dấu xác nhận đã thanh toán tiền hoàn thuế cho người nước ngoài lên hoá đơn kiêm tờ khai hoàn thuế. Trả lại người nước ngoài thẻ lên tàu bay, tàu biển, lưu giữ hồ sơ hoàn thuế theo quy định.