Quỹ bảo tồn di sản Huế hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp công lập; hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận. Quỹ bảo tồn di sản Huế có tư cách pháp nhân, con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước để hoạt động theo quy định của pháp luật.

Dự thảo đề xuất các nhiệm vụ của Quỹ bảo tồn di sản Huế gồm: Tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn tài chính của Quỹ theo quy định; tài trợ cho các dự án, đầu tư cho trùng tu, bảo tồn, phát triển giá trị di sản Huế và đầu tư cho các công trình, hạng mục chưa được ngân sách nhà nước bố trí kinh phí hoặc bố trí kinh phí chưa đủ; thực hiện chế độ báo cáo, kế toán theo quy định tại Nghị định này và các quy định của pháp luật liên quan; chấp hành việc thanh tra, kiểm tra, kiểm toán của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật; công bố công khai về quy chế hoạt động, kết quả hoạt động của Quỹ bảo tồn di sản Huế, báo cáo tình hình thực hiện quỹ theo quy định tại Nghị đinh này và quy định của pháp luật có liên quan; các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật.

Nguồn tài chính của Quỹ gồm: Nguồn hỗ trợ từ ngân sách nhà nước của các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (không bao gồm ngân sách của tỉnh Thừa Thiên Huế); nguồn đóng góp, viện trợ và tài trợ từ các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước; thu lãi từ tài khoản tiền gửi; các nguồn hợp pháp khác (nếu có).

Các nội dung chi của Quỹ bao gồm: Thực hiện các công trình, hạng mục trùng tu, bảo tồn, phát triển giá trị di sản Huế do nhà nước quản lý và đầu tư cho các công trình, hạng mục chưa được ngân sách nhà nước bố trí kinh phí hoặc bố trí kinh phí chưa đủ; thực hiện các công trình, hạng mục trùng tu, bảo tồn, phát triển giá trị di sản Huế không do nhà nước quản lý; thực hiện các công trình, hạng mục trùng tu, bảo tồn, phát triển giá trị di sản Huế cụ thể theo yêu cầu của bên tài trợ.