Theo quy định trên, các sản phẩm chế biến từ động vật, sản phẩm động vật hoặc sản phẩm có chứa “sản phẩm động vật” thủy sản (dưới dạng: đông lạnh, hàng khô, nấu chín, ăn liền…; chủ yếu là chế biến đông lạnh) vẫn đang tiếp tục thuộc danh mục phải “kiểm dịch”, khiến quy mô, số lượng lô hàng phải kiểm dịch là rất lớn khi gần như 100% các container hàng phải kiểm tra trước khi thông quan. Việc duy trì mở rộng các đối tượng/danh mục “hàng chế biến” làm thực phẩm phải kiểm dịch được quy định tại 3 thông tư trên là biện pháp quá mức và không cần thiết, chưa phù hợp với chủ trương cắt giảm danh mục hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành của Chính phủ, với quy định pháp luật cũng như thông lệ quốc tế hiện hành.

Cụ thể, đang có sự khác biệt trong chính quy định kiểm tra thủy sản xuất khẩu và thủy sản nhập khẩu. Cùng trong một hệ thống kiểm tra chuyên ngành sản phẩm thủy sản (dùng làm thực phẩm) của Bộ NNPTNT nhưng quy định hoạt động kiểm tra đối với hàng XK và hàng nhập khẩu (NK) lại đang hoàn toàn khác nhau cả về tên gọi và cách thức thực hiện:

Đối với sản phẩm thủy sản xuất khẩu: thực hiện kiểm tra, chứng nhận ATTP theo Thông tư 48/2013/TT-BNNPTNT – trừ việc có bổ sung kiểm dịch một số sản phẩm tươi/sống sang thị trường Hàn Quốc, Úc, Trung Quốc có yêu cầu kiểm dịch với các tác nhân gây bệnh trên tôm/cá (virus gây đốm trắng, đầu vàng….) theo OIE. Danh mục và cơ chế-phương thức kiểm tra đã áp dụng theo nguyên tắc quản lý rủi ro dựa trên lịch sử tuân thủ và mức độ điều kiện sản xuất đáp ứng ATTP.

Đối với sản phẩm thủy sản nhập khẩu: hoạt động kiểm tra được gọi là “kiểm dịch” theo 3 thông tư kể trên (26/2016, 36/2018, 11/2021) mặc dù các chỉ tiêu/tác nhân áp dụng kiểm tra là các chỉ tiêu ATTP được tham chiếu từ QCVN 8-3:2012/BYT của Bộ Y tế (quy chuẩn kỹ thuật quốc gia đối với ô nhiễm vi sinh vật trong thực phẩm). Danh mục và cơ chế-phương thức chưa theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Các lô hàng sản phẩm thủy sản xuất khẩu (của Việt Nam và nhiều nước) được cấp giấy “chứng nhận an toàn thực phẩm (Health Certificate)” chứ không phải là “chứng nhận an toàn dịch bệnh (Veterinary Certificate)”.

Ngoài ra, các văn bản này còn có sự bất cập về pháp lý như: Mâu thuẫn với các nguyên tắc kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa XNK theo quy định của Chính phủ; đi ngược lại các Nghị quyết của Chính phủ, mở rộng đối tượng, danh mục “kiểm dịch” trong quá trình hơn 10 năm qua; Chưa đúng với quy định thú y thuỷ sản của Tổ chức Thú y Thế giới (OIE); Chưa tương đồng với các nước khác.

Hiện có trên 160 quốc gia và vùng lãnh thổ đang nhập khẩu sản phẩm thủy sản của Việt Nam (hơn 85% là chế biến đông lạnh, số còn lại là: đồ hộp, hàng khô…) để dùng làm thực phẩm cho người đều chỉ áp dụng kiểm tra ATTP đối với các lô hàng sản phẩm thuỷ sản của Việt Nam & các nước xuất vào, và gọi rõ là kiểm tra ATTP nhập khẩu với nhóm SP này. Còn quy định của Việt Nam thì gọi là “kiểm dịch”.